Septembre 2004 - n°91
IT.OMICS : bioinformatique, gestion et analyse de données biologiques
Société anonyme fondée en mars
2001, filiale de GENFIT, IT.OMICS est basée à Lille (59) au
sein du Parc Eurasanté. Son cœur de métier ? La bioinformatique,
la gestion et l’analyse de données biologiques.
Depuis sa création, l’équipe IT.OMICS accompagne les chercheurs
dans le processus de mise au point des médicaments de demain, en apportant
son expertise et ses solutions pour l’extraction, la gestion et l’intégration
des informations biologiques propres à la relation maladie / cibles
thérapeutiques / médicament.
Ce positionnement permet à l’Entreprise, après seulement
trois ans d’existence, d’afficher une belle santé financière
et un solide portefeuille de clients… d’autant plus qu’en
avril 2004, IT.OMICS a lancé officiellement un nouvel outil de bibliomique
à destination des équipes de drug discovery : LSGraphTM. Gros
plan !
Une expertise au service de l’intuition
scientifique
Née en mars 2001 de la rencontre entre M. Guillaume LIEVRE et le département
Management de l’entreprise de biotechnologies GENFIT, la société
IT.OMICS est une spin-off de cette dernière.
Forte d’un environnement où l’approche clinique est omniprésente,
IT.OMICS s’est dès l’origine distinguée des autres
sociétés de bio-informatique.
" IT.OMICS n’a pas pour objet de vendre un logiciel de plus
sur un marché déjà très encombré ",
explique M. LIEVRE, Directeur Général d’IT.OMICS. "
Notre ambition est d’aider les sociétés de drug discovery
à élaborer et à mettre en œuvre une stratégie
bioinformatique efficace, ceci pour transformer les données biologiques
en connaissances utiles à la mise au point de nouveaux médicaments…
"
L’équipe IT.OMICS est aujourd’hui composée
de 15 personnes : biologistes, biostatisticiens et informaticiens. Partenaire
des chercheurs en sciences de la vie, elle décline son offre sur trois
niveaux :
Data Management
: intégration et organisation de données disparates,
Data Analysis :
identification des données cibles,
Data Mining : intégration
scientifique des données et aide à la décision.
Ainsi, IT.OMICS est en mesure d’accompagner les sociétés
pharmaceutiques ou biotechnologiques en amont de leur recherche, en leur offrant
toute une gamme de services : du consulting, au benchmarking de solutions,
jusqu’à l’implémentation d’outils adaptés
à leurs besoins (bases de données, portails web-based).
" Toujours dans le respect strict de la logique de la connaissance,
mais aussi de l’intuition scientifique…", constate M.
Guillaume LIEVRE.
Des sociétés pharmaceutiques internationales aux start-up de
biotechnologies : toutes sont concernées par l’expertise d’IT.OMICS.
Plusieurs d’entre elles lui font d’ores et déjà
confiance depuis sa création, il y a trois ans…
Précisons qu’en septembre 2002, IT.OMICS a signé avec
IBM un accord de partenariat, centré sur la solution IBM DiscoveryLink.
Développé par la Division Sciences de la Vie d’IBM, ce
produit constitue une solution innovante, spécifiquement destinée
aux acteurs des sciences de la vie : entreprises de biotechnologies, laboratoires
pharmaceutiques ou centres de recherche académiques. Elle permet aux
utilisateurs d’accéder simultanément à partir d’une
requête unique à plusieurs bases de données hétérogènes.
Sans équivalent, DiscoveryLink intègre les données relatives
à la recherche, aux essais cliniques, à la réglementation,
aux données marketing, tout au long du processus de développement,
d’homologation et de commercialisation des nouveaux médicaments…
IT.OMICS s’est dotée d’une infrastructure intégrant
les toutes dernières technologies d’IBM : e-serveurs hautes performances
Regattas, systèmes de stockage NAS et d’archivage sur bande numérique.
Renforçant ainsi son panel d’expertises, IT.OMICS est aujourd’hui
le partenaire privilégié d’IBM dans de nombreux projets
européens d’implémentation de DiscoveryLink…
LSGraph™ : tête chercheuse dans
la littérature scientifique
Avec l’explosion de la connaissance du génome et des mécanismes
de l’expression des gènes dans les cellules, les biologistes
ne peuvent se passer aujourd’hui de moyens informatiques puissants.
Comment rechercher, tracer et utiliser une information à travers l’ensemble
de la littérature scientifique et plus de 400 banques de données
dispersées dans le monde ? La solution s’appelle LSGraph™
!
Développé en interne par IT.OMICS, LSGraph™ ("Life
Science Graph Approach ") s’impose comme le chaînon manquant
à la plupart des programmes de recherche de cibles, basés sur
les technologies génomiques et post-génomiques. Il est en effet
en mesure d’aider les biologistesà comprendre, par exemple, comment
les gènes s’insèrent dans un mécanisme pathophysiologique
associé à une maladie d’intérêt, ou encore,
à identifier le mécanisme d’action d’un candidat
médicament.
Son principe est relativement simple : dans un contexte biologique donné,
LSGraph™ puise dans l’ensemble de la littérature scientifique
les liens directs et sous-jacents entre gènes et protéines.
Avec à la clé, la construction de " graphes de connaissances
"…
Technologie d’aide à la décision, LSGraph™ permet
ainsi d’extraire de façon automatisée l’information
contenue dans les articles scientifiques, puis de reconstituer des réseaux
de relations fonctionnelles entre gènes et/ou protéines, et
d’apporter un éclairage unique sur cette masse d’information
pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Grâce à
LSGraph™, il est donc désormais possible de :
retrouver les gènes
et protéines clés impliqués dans un contexte biologique
donné,
identifier les voisinages
fonctionnels de ces gènes et protéines,
retrouver les articles
relevant et justifiant les liens fonctionnels entre les gènes et protéines,
reconstituer, à
partir de ce qui est décrit dans la littérature scientifique,
des réseaux de relations fonctionnelles entre gènes et/ou protéines
permettant ainsi de comprendre les mécanismes biologiques étudiés…
Unique tant par sa conception que son mode d’utilisation et son potentiel
d’application, LSGraph™ est une véritable tête chercheuse
dans la littérature scientifique.
" Le marché visé par IT.OMICS et, en particulier par
notre solution LSGraphTM, est clairement mondial ", souligne M.
LIEVRE. " LSGraph™ intéresse en effet aussi bien les
équipes R&D des groupes pharmaceutiques internationaux, que les
mid-pharmas et les petites sociétés de biotechnologies ".
Nous retrouvons déjà cette diversité parmi les premiers
utilisateurs de LSGraph™ : " de grands groupes comme Aventis
ou le groupe japonais Kowa, une mid-pharma comme Servier, ou encore, une biotech
comme Proskelia ", ajoute Guillaume LIEVRE.
D’autres références devraient d’ailleurs prochainement
venir enrichir ce panel d’utilisateurs, en Europe, mais aussi aux Etats-Unis
où IT.OMICS a prévu d’implanter d’ici peu une antenne
commerciale et de support technique !
Société en pleine croissance, IT.OMICS entend poursuivre son
développement en privilégiant toujours la satisfaction de ses
clients, tout en préparant l’ouverture de sa présence
commerciale sur le marché américain.
Autre objectif de premier ordre pour l’Entreprise : maintenir un investissement
fort en R&D (50 % de son budget) pour continuer d’enrichir ses savoir-faire
et intégrer les plus aboutis au sein de LSGraph™.
" Dans cette optique, nous devrions recruter cinq nouveaux collaborateurs
cette année, jusqu’à compter en mars 2005 une vingtaine
de personnes dans notre équipe ", nous confie M. Guillaume
LIEVRE.
La bioinformatique aide les sociétés de biotechnologies et les
laboratoires pharmaceutiques à améliorer la productivité
de leur R&D, à diminuer les coûts liés à la
découverte de nouveaux médicaments, à réduire
les temps de développement des molécules appelées à
être mises sur le marché. Tels sont les enjeux auxquels répond
IT.OMICS ! N’hésitez pas à contacter son équipe
de spécialistes pour de plus amples renseignements…
SD