Octobre 2005 - n°103

ABORYGEN : une offre en logiciels et services destinée aux chercheurs

Société de bioinformatique, Aborygen s'est spécialisée dans le développement d'une offre logicielle et de services innovante permettant l'analyse des séquences et des structures des macromolécules biologiques.

Une nouvelle approche de la biologie est apparue ces dernières années : la biologie " in silico " dite bioinformatique. Elle participe à la mise en place de nouveaux produits et de nouveaux services essentiels au développement des biotechnologies de la santé, de l’agroalimentaire et de l’environnement.
La bioinformatique constitue un marché porteur avec une forte capacité de progression. Le marché des logiciels d’analyse en particulier devrait connaître une forte progression jusqu’à atteindre les 375 millions de dollars en 2009. La clientèle des logiciels d’analyse est constituée principalement par les chercheurs en Sciences de la Vie. L’objectif de la société AbOrygen est de développer une offre logicielle et de services dont l’innovation repose sur les besoins des chercheurs.

La société AbOrygen a été créée en mars 2004 par Dominique Colinet, Serge Villa et Frédéric Mandrea. Les 3 fondateurs ont plusieurs cordes à leur arc : Dominique Colinet est docteur en sciences, gérant et responsable scientifique de la société ; Serge Villa est responsable du développement informatique ; Frédéric Mandrea est docteur en sciences et développeur informatique spécialisé dans la 3D. Soutenue par l'incubateur PACA-Est et par le centre de Promotion des Entreprises (Grasse), la société Aborygen, dont les locaux sont situés à proximité de la technopole de Sophia Antipolis (Nice) s'est vue accorder le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI).

Un logiciel qui rencontre un franc succès

La société développe et commercialise un premier logiciel appelé biOpen® et qui permet l'analyse des séquences et des structures des acides nucléiques et des protéines. Son originalité réside dans l'intégration dynamique des outils d'analyse au cœur de l'application. Ces outils d'analyse sont intégrés dans un environnement global sous une interface performante, conviviale et complète pour faciliter la prise en main de biOpen®. Ainsi, grâce à un système de configuration " à la carte ", l’utilisateur peut travailler uniquement avec les fonctions d’analyse qui lui sont nécessaires.

Ce logiciel répond à trois des principales attentes des chercheurs :
- Modularité dans le choix des outils d'analyse avec un prix adapté aux besoins du client,
- Evolution aisée du logiciel par acquisition de nouvelles fonctions,
- Convivialité apportée par le fonctionnement sous un environnement intégré.

biOpen® possède en outre une interface moderne avec des fonctionnalités originales qui permettent de simplifier le quotidien de l'utilisateur :
- La gestion de projets, permettant une structuration claire des séquences, structures et résultats liés aux projets de recherche et leur communication aisée entre chercheurs,
- La synchronisation des séquences, des structures et des résultats d'analyse permettant de visualiser en temps réel et sur chaque représentation les modifications effectuées sur une zone d'intérêt particulière,
- L'affichage dynamique des résultats dans les différentes vues d'une séquence,
- La visualisation en 3 dimensions des structures avec la possibilité d'étudier les relations avec les séquences associées.

La version actuelle de biOpen® destinée au système d’exploitation Mac OS X est commercialisée depuis le deuxième trimestre 2004 et a déjà rencontré un franc succès. biOpen® est en effet adopté par un nombre toujours grandissant d'unités de recherches, aussi bien en France qu’à l’étranger, et les réactions des utilisateurs sont enthousiastes comme le montrent les témoignages qui peuvent être lus sur le site internet de la société. Une version de démonstration est disponible gratuitement et a déjà été téléchargée par plus de 4000 chercheurs.

Une nouvelle version du logiciel à destination du système Windows est actuellement en cours de développement et devrait sortir dans le courant du premier semestre 2006.

Un développement en partenariat

Depuis sa création, la société a tissé des collaborations avec plusieurs partenaires académiques dans le but de développer des fonctions inédites et originales pour biOpen® ainsi que des logiciels plus spécialisés.
Un partenariat a été établi avec l’Université Libre de Bruxelles (Belgique). L’objectif est d’implémenter une méthode de prédiction de l’effet de mutations sur la stabilité d’une protéine développée par le Dr Dimitri Gilis et le Dr Marianne Rooman (Unité d’Ingénierie Moléculaire et Biomoléculaire, ULB, Belgique).
Par ailleurs, une convention de collaboration a été signée avec l’Université de Nice et l’INSERM afin de développer une méthode automatisée de recherche dans les bases de données à partir des travaux du Dr Anouk Courseaux et de Yan Fantéi (Unité de Recherche et de Génétique Moléculaire de la Différentiation et du Développement (INSERM U470 – Faculté des Sciences de l’Université de Nice)).

Une activité de services qui s’intéresse aux problèmes biologiques des chercheurs

AbOrygen met sa technologie et son savoir faire au service des acteurs en sciences de la vie pour apporter des solutions adaptées à leurs préoccupations. Parfaitement complémentaire et d’un haut niveau de formation et d’expérience, l’équipe d’AbOrygen a été constituée pour développer des applications personnalisées pour les laboratoires de recherche, interfacer et adapter leurs logiciels, analyser leurs données…

De nouveaux outils bientôt disponibles

AbOrygen va commercialiser très prochainement de nouveaux modules pour biOpen® ainsi que des logiciels spécialisés qui seront directement disponibles pour Mac OS X et Windows. A long terme, le développement de logiciels et de modules personnalisés permettront de répondre aux besoins spécifiques des clients. Les sociétés privées pourraient alors constituer le secteur le plus attractif pour la société AbOrygen qui y verrait là le moyen de nouer des partenariats forts et de développer durablement sa croissance.

M. HASLÉ