Mai 2005 - n°99

Déménagement et Réorganisation pour Transgenomic France

Dirigée par M. Olivier MERLE, la société Transgenomic France vient de finaliser son déménagement et sa nouvelle organisation européenne.

A l'origine, Transgenomic Limited est une société américaine basée à Omaha (Nebraska), spécialisée dans les domaines de la génétique humaine et de l'industrie des sciences de la vie. En France, Transgenomic dispose désormais à Elancourt, en région parisienne, de 400 m2 de bureaux que se partagent les services commerciaux, administratifs, applicatifs et formation, non seulement pour la France, mais également pour l'Europe. L'année 2005 marque en effet l'européanisation du siège social. 40 personnes, dont 11 basées dans l'hexagone, dépendront à l'avenir du site parisien.

Le succès de Transgenomic se base sur son expérience en chimie séparative et sur l'analyse de l'ADN par D-HPLC réalisée par le biais de sa plate-forme WAVE®. Elle permet aux chercheurs de découvrir et d'identifier des variations du code génétique humain. Ce système de chromatographie liquide à haute performance en phase dénaturante permet d'analyser des mutations génétiques connues et inconnues plus rapidement, avec plus d'exactitude et à un coût inférieur par rapport aux autres techniques plus classiques d'analyses sur gel.

"Grâce au séquençage complet du génome humain, la mise en évidence de variations dans la séquence du code génétique ou encore l'analyse de mutation devient le lien essentiel au développement de nouveaux médicaments et diagnostics. La recherche de mutations chez des individus présentant une pathologie ou des traits particuliers peut conduire à une corrélation entre les gènes et les pathologies ou les traits spécifiques. Notre système WAVE®, à la différence des outils utilisant des technologies plus conventionnelles, peut détecter ces mutations génétiques sans avoir connaissance de leur existence ou position. En conséquence, le système WAVE® fournit aux chercheurs des moyens plus précis et plus efficaces pour exécuter les expériences nécessaires à l'identification de mutations et à la corrélation entre les mutations et différentes pathologies." explique M. Merle.

Le système D-HPLC est conçu pour exécuter, à une vitesse élevée, des analyses automatisées de molécules d'ADN. Il est basé sur la connaissance de la technologie des micro-particules. Ces dernières ont permis le développement de la colonne de séparation DNASep® . Les microparticules ont une chimie extérieure spécifique qui interagit avec les molécules d'ADN qui sont alors sélectivement séparées en fonction d'un gradient d'élution. Ce processus est automatisé par le logiciel NAVIGATOR™ qui permet l'analyse et l'identification des mutations.

Le WAVE® est un système entièrement automatisé pour l'analyse de fragments d'acide nucléique d'origine humaine, animale, végétale et microbienne. Il est disponible sous 2 plate-formes préparatoire et analytique) pour exécuter la séparation et la quantification rapides et automatisées des fragments simple- et double-brins d'acide nucléique sur la colonne de DNASep. Avec ses trois modes de fonctionnement (non dénaturant, partiellement dénaturant, totalement dénaturant), le système peut être utilisé dans un grand nombre d'applications incluant l'analyse d'oligonucléotides, l'analyse de taille d'acide nucléique et la détection de mutation.
Couplé à un échantillonneur automatique, il peut accepter une ou deux microplaques de 96 ou 384 puits. Comme la qualité du résultat dépend du contrôle de la température de l'échantillon, ce contrôle est assuré à partir du logiciel NAVIGATOR™ pendant toute la manipulation.

La société dispose de plusieurs axes de développement :

- Apporter des applications nouvelles à sa plateforme : plus particulièrement une stratégie de criblage originale de des mutations somatiques basée sur la technologie du Système WAVE® HS Cette nouvelle technique analytique extrêmement sensible de chromatographie liquide à haute pression en condition dénaturante (DHPLC) utilise une détection en fluorescence post-séparative. Cette technologie de criblage permet la détection de mutations qui représentent < 0.1 % de l'ADN total analysé. Cette stratégie facilite ainsi l’approche de criblage à la détection et à la capture des mutations somatiques connues et/ou inconnues présentes en faible abondance dans les échantillons hétérogènes de tissus tumoraux. " High Sensitivity Scanning of Colorectal Tumors and Matched Plasma DNA for Mutations in APC, TP53, K-RAS, and BRAF Genes with a Novel DHPLC Fluorescence Detection Platform” S.L. Lilleberg et all Ann. N.Y. Acad. Sci. 1022: 250-256 (2004)

-Développer ses applications sur d'autres secteurs, et notamment en microbiologie (Analyse directe de communautés microbiennes complexes sans étape de culture, Analyse à haut débit des gènes de résistance aux antibiotiques et Identification des souches et des espèces bactériennes) ;

- Etoffer ses réactifs en biologie moléculaire et notamment la nucléase de SURVEYORTM qui offre une manière simple et flexible de détecter des mutations génétiques inconnues ou connues et des SNPs dans n'importe quel type d’échantillon cible. A la différence des enzymes de clivage actuellement disponibles, la nucléase de SURVEYORTM reconnaît toutes les insertions, suppressions et substitutions de base.

Elle permet le double clivage hautement spécifiqueà l'emplacement précis du "mismatch" de n'importe quel ADN hétéroduplexe. L’utilisation de la polymérase "proof-reading" Optimase® permet une réduction du bruit de fond non spécifique et induit de ce fait une amélioration de la lecture des résultats. Les kits de nucléase SURVEYOR™ sont optimisés pour utilisation sur trois plates-formes d'analyse différentes: électrophorèse sur gel,électrophorèse capillaire fluorescente et systèmes PAGE et le système d-HPLC WAVE®.

Proposer d'autres solutions technologiques, en particulier le système d’électrophorèse multi capillaires (de 24 à 192 capillaires) de la société SPECTRUMEDIX (www.spectrumedix.com).

Tout un programme qui laisse entrevoir de belles perspectives d'avenir…

BB