Janvier 2008 - n°128
GENOSTAR - Une plate-forme bioinformatique et des logiciels pour analyser, explorer et simuler les systèmes biologiquesIl y a cinq ans, nous vous présentions Genostar et sa plate-forme
bioinformatique, alors tout juste mise à disposition des laboratoires
de recherche publics (cf notre article paru en décembre 2002). Aujourd’hui
rebaptisée IOGMA, cette plate-forme a bénéficié
de nombreux développements complémentaires. Sa version 3.3,
version client-serveur, est commercialisée depuis quelques mois, tandis
qu’un nouveau logiciel GenoBrowser est mis en ligne gratuitement sur
le site internet de Genostar. Gros plan !
Une société en plein essor
Rappelons que Genostar est né en 1999 en tant que consortium public
- privé regroupant l'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique
et en Automatique), l'Institut Pasteur et les deux sociétés
de biotechnologie, Hybrigenics et Genome Express. Ce consortium visait à
fournir à la communauté scientifique un outil de bioinformatique
modulaire de génomique et post-génomique exploratoire. Objectif
atteint en 2002, puis 2003, quand le consortium met à disposition des
laboratoires de recherche la première version de sa plate-forme bioinformatique.
En 2004, les droits de développer, maintenir et valoriser cet environnement
logiciel sont transférés au Dr Patrice GARNIER, qui crée
la société Genostar SA, basée à Paris. Quatre
membres du consortium, développeurs et bio-informaticiens, rejoignent
l’Entreprise afin de poursuivre le développement de sa plate-forme,
nommée désormais IOGMA. Se succèdent ensuite plusieurs
étapes clés pour la jeune société, notamment la
signature en 2006 et 2007 de plusieurs contrats avec l'industrie pharmaceutique
et diagnostic. Quelques mois plus tard, en juillet 2007, Genostar inaugure
de nouveaux locaux dans la zone Inovallée de Montbonnot, près
de Grenoble (38) ; ses équipes de R&D, de service et support, de
vente, marketing et communication, y emménagent.
La société Genostar, forte de collaborateurs diplômés
et expérimentés, réunit aujourd’hui de solides
compétences dans le développement de logiciels, l'interface
homme-machine, la bio-informatique, la biologie moléculaire et cellulaire.
Son équipe de direction a acquis son expérience de management
à l'INRIA, à la NASA (National Aeronautics and Space Administration)
et chez Genome Express.
Précisons à ce titre que l’INRIA a joué un rôle
prépondérant dans l'incubation de Genostar. Jusqu'à juillet
2007, le service R&D de l’Entreprise était en effet hébergé
dans les locaux de l'INRIA Rhône-Alpes. Aujourd'hui encore, des recherches
communes sont menées avec l'équipe de bio-informatique HELIX,
tandis que le Dr François Rechenmann, ancien directeur du groupe HELIX,
est devenu conseiller scientifique de Genostar.
IOGMA, un environnement logiciel interactif
convivial
Genostar s’est fixé pour mission de proposer aux chercheurs des
outils de bio-informatique performants afin d’analyser, explorer et
simuler les systèmes biologiques. Sa plate-forme IOGMA vise ainsi une
meilleure compréhension des mécanismes qui régissent
le fonctionnement des réseaux moléculaires (métaboliques
ou non métaboliques) des systèmes biologiques bactériens
; elle entend optimiser la lutte contre les bactéries et améliorer
la production de molécules d'intérêt par génie
microbiologique.
Grâce à la plateforme IOGMA de Genostar, il est désormais
possible d’exploiter au mieux la pertinence des données biologiques
produites à haut débit (séquences génomiques,
données d'expression différentielle, spectres de masse de protéines).
Doté de modules logiciels, IOGMA offre une grande souplesse et intègre
de nombreuses méthodes de visualisation et d'analyse des données
biologiques de différentes natures : génomiques, protéiques,
métaboliques. Autre atout essentiel : la possibilité de créer
de nouveaux modules, capables de communiquer avec ceux existants.
Citons pour exemple le cas suivant : après avoir utilisé le
module GenoAnnot pour rechercher et identifier les séquences génomiques
d’intérêt d'une bactérie, un chercheur peut transférer
l'ensemble des zones codantes et analyser les protéines qui en résultent
avec le module ProteoAnnot et, enfin, étudier grâce au module
PathwayExplorer comment les protéines présentant une activité
enzymatique s'organisent en processus métaboliques. La modularité
de IOGMA permet d'intégrer à tout moment d'autres modules comme
DataExplorer ou Genetic Network Analyzer.
Notez que Genostar propose également la solution Metabolic Pathway
Builder, outil d'étude des systèmes biologiques bactériens,
qui rassemble dans une seule et même application GenoAnnot, ProteoAnnot
et PathwayExplorer. Cette solution intégrée, associée
à une base de données microbiennes, MicroB, regroupe les informations
sur 450 micro-organismes provenant de plusieurs bases de données (Genome
Reviews, UnitProt/SwissProt, Kegg, GO, Enzyme).
Zoom sur l’actualité de Genostar
Ces derniers mois, la société Genostar a connu une actualité
très dense, notamment avec la mise en ligne de son nouveau logiciel
GenoBrowser et le lancement de la version client-serveur de IOGMA.
GenoBrowser, en libre accès sur internet
GenoBrowser est une version simplifiée et gratuite du module GenoAnnot,
qui permet de visualiser et d'effectuer des requêtes sur des séquences
génomiques, leurs annotations et autres caractéristiques associées.
Ces données sont importées de bases de données génomiques
reconnues comme Genbank et EMBL (European Molecular Biology Laboratory).
Contrairement à GenoAnnot, GenoBrowser ne permet pas d'appliquer des
méthodes d'analyse et n'est pas interopérable avec les autres
modules de IOGMA. Néanmoins, ce module offre une solution élégante
et efficace qui permet de visualiser les données produites par GenoAnnot
sans devoir posséder une licence IOGMA. Ce module est disponible gratuitement
par téléchargement sur le site www.genostar.com.
le lancement de la version client-serveur de
IOGMA
Grâce à la toute nouvelle version client-serveur de IOGMA (version
3.3), les chercheurs peuvent maintenant effectuer un travail collaboratif
à l'aide des modules de la plateforme IOGMA ; chacun peut visualiser
ou ajouter des informations sur un projet commun sauvegardé dans une
base de données relationnelle sur un serveur central.
Et dans un futur proche…
Genostar travaille aujourd’hui au développement d'un nouvel outil
pour faciliter la construction de modèles in silico des réseaux
de régulation ; un outil amené à devenir un module complémentaire
de IOGMA. Ses fonctionnalités, combinées avec celles offertes
par Genetic Network Analyzer, rendront plus abordables la construction, puis
la simulation de modèles dynamiques de systèmes biologiques.
La société Genostar devrait par ailleurs obtenir prochainement
l'agrément pour la distribution de données autour de la base
de données métaboliques KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and
Genomes). Elle sera ainsi en mesure de proposer l’accès à
ces données à travers Metabolic Pathway Builder et d'autres
explorateurs de données, tels que KEGG Explorer, un module particulièrement
puissant et efficace pour explorer les données génomiques, protéiques
et métaboliques de la base Kegg…
S. DENIS