Janvier 2008 - n°128

The MathWorks optimise l’analyse des données de biopuces et de spectrométrie de masse

En décembre 2006, nous vous présentions pour la première fois la société The MathWorks et, tout particulièrement, son outil de modélisation et d’analyse SimBiology, destiné au marché de la chimie et des biotechnologies.

C’est aujourd’hui une nouvelle version de la Bioinformatics Toolbox (3.0), boîte à outils complémentaire de sa plate-forme MATLAB®, que The Mathworks lance sur le marché français. Ses nouvelles fonctionnalités permettent notamment d’optimiser l’analyse des données de biopuces et de spectrométrie de masse, ouvrant ainsi l’opportunité d’accélérer les processus de recherche…

L’analyse et la visualisation améliorées des données de biopuces

La version 3.0 de la Bioinformatics Toolbox propose un ensemble exclusif de fonctionnalités améliorées d’importation, d’analyse et de visualisation, particulièrement utiles pour les biologistes et chercheurs qui travaillent sur les biopuces. Les utilisateurs peuvent ainsi désormais procéder à des analyses plus précises des différentes formes de données des biopuces, dont les biopuces CGH (hybridation génomique comparative sur puces), TILLING (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes), SNP (Single Nucleotide Polymorphims) et les tableaux d’expression de gènes.

Les améliorations de la Bioinformatics Toolbox donnent aux laboratoires la possibilité de normaliser et de nettoyer les données de biopuces, de calculer l’expression de gènes, ou encore, d’effectuer une segmentation binaire circulaire et l’estimation du taux de fausses découvertes. Cette version 3.0 intègre également des outils de visualisation permettant aux utilisateurs de tracer des idéogrammes chromosomiques en bande G.

… et pour la spectrométrie de masse :

La boîte à outils Version 3.0 inclut par ailleurs une nouvelle fonctionnalité pour l’analyse des données de spectrométrie de masse ; une fonctionnalité qui permet l’alignement des spectres de masse de plusieurs listes de pics provenant de jeux de données LC/MS ou GC/MS.
The MathWorks propose également des améliorations dans d’autres domaines tels que la théorie des graphes et l’analyse de séquences. Les chercheurs peuvent alors exploiter ces fonctionnalités de visualisation de pointe pour déterminer et afficher les chemins les plus courts dans des graphes, tester les cycles dans un graphe orienté ou identifier un isomorphisme entre deux graphes. Les nouvelles possibilités d’analyse de séquences offrent des outils permettant par exemple d’estimer et de visualiser les diagrammes de structure secondaire d’une séquence ARN.

« The MathWorks a pour ambition d’accompagner l’évolution des besoins de ses clients spécialistes des sciences du vivant en ajoutant constamment des fonctions sophistiquées à son ensemble puissant de logiciels pour la bioinformatique », indique Kristen ZANNELLA, responsable du marketing pour les biotechnologies et l’industrie pharmaceutique, chez The MathWorks. « Grâce à la Bioinformatics Toolbox 3.0, les chercheurs peuvent désormais exploiter la puissance inégalée de MATLAB pour accélérer et rendre plus précise la compréhension des données de biopuces et des données de spectrométrie de masse… »

À propos de The MathWorks

Rappelons que la société The MathWorks a choisi Natick, près de Boston aux États-Unis, pour y installer son siège social. Fondée en 1984, elle compte aujourd’hui plus de 1 800 personnes dans le monde. Elle est implantée en France, en région parisienne, à Meudon (92).

The MathWorks s’impose au premier rang mondial des éditeurs de logiciels de modélisation et calcul scientifique pour les ingénieurs, chercheurs et enseignants. Forte d’une gamme complète de produits basée sur sa plate-forme MATLAB®, The MathWorks propose des logiciels et services capables de résoudre des problèmes ardus et d’accélérer l’innovation dans des domaines aussi variés que l’automobile, l’aérospatiale, les services financiers, les biotechnologies, l’instrumentation, et bien d’autres encore…

Depuis 20 ans, l’Entreprise commercialise ainsi dans le monde entier sa plate-forme MATLAB®, hautement polyvalente et adaptée à un large panel d’applications (traitement d’images, analyse de données, filtrage…). La nouvelle version de sa Bioinformatics Toolbox permet aux bioinformaticiens et aux chercheurs scientifiques d’être plus performants pour l’exploration des idées, le prototypage de nouveaux algorithmes et la construction d’applications dans de larges domaines : de la recherche pharmaceutique, à l’ingénierie génétique, en passant par divers autres projets génomiques et protéomiques…

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