MICROFLORA : l’expertise en Microbiologie - une cellule de transfert technologique à la faculté d’œnologie de Bordeaux 2

Février 2006 - n°107

Créée en Février 2004, Microflora est adossée au laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (LBMA) et est gérée par l’association pour le développement de l’enseignement et la recherche en Aquitaine (ADERA). Microflora rend accessible aux entreprises les innovations technologiques développées dans le laboratoire, grâce à des prestations de haute technologie ou des projets R&D contractualisés. Une équipe de spécialistes se consacre à cette mission afin de garantir la rapidité et la qualité des prestations proposées.

Microflora a été fondée sous l’impulsion de trois personnes :

- Le professeur Aline LONVAUD a tout d’abord accepté d’héberger l’équipe dans son laboratoire de recherche (Le LBMA) à l’université de Bordeaux 2. La mise en œuvre du projet a, quant à elle, été réalisée par Joana COULON et Emilie WALLING toutes deux Docteurs en Microbiologie-Œnologie de l’université de Bordeaux.
Diplômée Œnologie à la faculté
d’oenologie de Bordeaux (1970), Aline LONVAUD-FUNEL a également reçu une formation de Biochimiste dans la même université. Elle a obtenu par la suite un Doctorat du 3ème cycle (1976) intitulé « le gaz carbonique dissous dans les vins », puis un Doctorat es Sciences en 1987 rassemblant ses travaux sur les bactéries lactiques du vin. En 1986, dans le laboratoire (LBMA) qu’elle dirige depuis, ont été élaborés les premiers « outils moléculaires » appliqués à l’œnologie et les premières sondes d’ADN pour l’identification des espèces bactériennes du vin. Ces sondes sont appliquées à l’étude fine de l’évolution de la microflore pendant les vinifications, mettant en œuvre de façon intégrée les approches physiologiques, métaboliques, enzymatiques et finalement génétiques. Le laboratoire aborde ainsi divers problèmes soulevés par les producteurs et industriels : production d’amines biogènes (par les bactéries lactiques), d’acroléine, d’hyperviscosité (maladie de la graisse), bactériophages et adaptation des microorganismes.

- Joana COULON a obtenu un Doctorat en Microbiologie-Œnologie à l’Université Victor Segalen Bordeaux 2 (en collaboration avec l’université de Brock, Ontario-Canada). Son travail sur le métabolisme de l’urée chez des levures œnologiques industrielles a abouti à un dépôt de brevet. Sa formation a, par ailleurs, été complétée par une mission de près d’un an chez un producteur de levains œnologiques.

- Emilie WALLING a suivi ses études secondaires à l’université du Michigan, Ann Arbor, USA. Elle est venue effectuer ses travaux de recherches à la faculté d’œnologie dans le cadre d’une thèse sur l’altération des vins par Pediococcus. Ses travaux ont abouti à la mise au point d’une méthode d’extraction directe d’ADN des microorganismes du vin ainsi qu’un test PCR pour la détection des souches d’altérations de Pediococcus responsables des vins visqueux.

Partie intégrante du LBMA, le laboratoire MICROFLORA est dirigé par le professeur Aline LONVAUD : avec une superficie de 90 m² et une dizaine de paillasses équipées, le laboratoire possède tout l’équipement nécessaire à la microbiologie (autoclave, incubateurs, appareil de lyophilisation et congélateurs à -80°C pour le maintien de la collection de microorganismes du vin, spectrophotomètre…).

Pour l’étude génétique et biochimique des métabolismes microbiens, plusieurs techniques sont mises en place en routine (PCR quantitative, RTPCR, DGGE, champ pulsé, hybridation ADN/ADN, clonage et expression des gènes…).
Sur le plan informatique, le laboratoire possède un analyseur de gel et deux logiciels pour numériser les profilsélectrophorétiques et les comparer.

L’équipe du LBMA est composée d’une dizaine de personnes (deux maîtres de conférences, d’un ingénieur de recherche, de trois techniciens, de quatre doctorants, d’un étudiant en Master Recherche et de quelques stagiaires (BTS ou ingénieurs)). Deux professeurs encadrent les travaux de recherches. L’équipe évolue dans un environnement universitaire, qui lui permet d’accéder à de nombreux équipements sicentifiques.

Des techniques les plus classiques en Microbiologie aux méthodes les plus récentes en génétique moléculaire et de biochimie, Microflora développe et maîtrise plusieurs techniques innovantes pour l’étude des thématiques suivantes : l’écologie microbienne de la vigne au vin, la caractérisation génétique, biochimique et physiologique des bactéries lactiques et les microorganismes d’altération des vins.
Ses compétences peuvent ainsi servir les producteurs de vin, lesœnologues, les négociants, les fabricants de produits œnologiques, mais aussi d’autres acteurs du secteur agroalimentaire et pharmaceutique.

Parmi les prestations proposées par Microflora : le suivi de la microflore pendant la vinification et l’élevage des vins par dénombrement des grandes familles microbiennes, la recherche ciblée de microorganismes d’altération par biologie moléculaire (PCR) et le contrôle d’implantation de levains industriels, levures et bactéries lactiques.

Les outils de la recherche au service de l’industrie
La collaboration entre le LBMA et Microflora se concrétise par le transfert des technologies et connaissances acquises auprès des professionnels et industriels. L’équipe de recherche développe chaque année de nouveaux outils d’analyse des microorganismes. Microflora se charge par la suite d’adapter ces outils au monde industriel et de les proposer aux entreprises de la filière vitivinicole ou agroalimentaire.
Microflora propose ainsi un service R&D en microbiologie destiné aux entreprises, afin de faciliter leur projet d’innovation. Et ce, en mettant à leur disposition des outils de pointe et les aptitudes de l’équipe de recherche.

En s’appuyant sur le matériel et le savoir-faire du LBMA, les compétences de Microflora recouvrent plusieurs disciplines dont la microbiologie classique, la biologie moléculaire, l’hybridation et la biochimie.

Ces compétences permettent d’ailleurs de mener à bien divers projets, tels que l’identification microbienne (genre, espèce) et le typage des souches, l’inventaire microbien d’un écosystème avec ou sans culture préalable, ainsi que l’étude et la purification des protéines à intérêt industriel.

MICROFLORA souhaite affirmer son rôle d’expert en microbiologie dans le domaine vitivinicole
Pour cela, elle propose des analyses microbiologiques de grande qualité adaptées aux différents besoins des clients (vignerons, œnologues, responsables qualité du négoce, responsable R&D de groupes industriels …). Chaque projet est réalisé sur mesure et fait l’objet d’un rapport.

Microflora souhaite également développer son activité de R&D avec les entreprises de la filière. Elle reste donc à l’écoute des besoins en innovation des entreprises, propose des solutions concrètes de développement et cherche les financements publics ou privés nécessaires pour soutenir les projets. Dans ce cadre, Microflora bénéficie du soutien financier de la région Aquitaine et de l’Europe (FEDER, Fonds Européens de Développement Régional). Microflora est également un partenaire privilégié de la chambre d’agriculture de la Gironde, notamment le service vigne et vin, pour les demandes d’analyses microbiologiques des adhérents viticulteurs.