Novembre 2007 - n°126
Zoom sur PRONOTA
Le 24 mars 2007, ont été inaugurés les nouveaux
locaux du Parc d’activités de Mazen-Sully, baptisés «
Les Jardins de la Recherche », en présence de François
Patriat, Président du Conseil régional de Bourgogne et de nombreuses
personnalités.
Une nouvelle victoire pour Pronota qui vient d’obtenir en juillet dernier
la somme de 1.87 millions d’euros du gouvernement de Flandre pour développer
davantage sa plateforme de diagnostic et de pharmacodiagnostique pour la validation
des biomarqueurs protéiques. Une partie de cette somme sera d’ailleurs
employée pour la mise en place d'un des programmes internes de découverte
de biomarqueurs. En août 2006, Pronota a clos son financement de série
A, générant 14,5 millions d’euros. Parmi les investisseurs
se trouvent Johnson & Johnson Development, GIMV, Life Science Partners,
KBC Private Equity et Baekeland Fonds II, le fonds de capital-risque de l’Association
universitaire gantoise…
Deux fondateurs chevronnés
Pronota a été fondée par deux associés scientifiques
: le Professeur Koen Kas et le Professeur Joël Vandekerckhove. Avant
de fonder Pronota, le Prof. Kas a été directeur de la recherche
médicamenteuse auprès de Galapagos, société belgo-néerlandaise
de génomique fonctionnelle. Auparavant, il a mis sur pied et dirigé
le programme de recherche de médicaments contre le cancer chez Tibotec
et, après la fusion avec Virco, il a pris en charge le programme de
diagnostic oncologique de Virco. Il a notamment été titulaire
d’une chaire à l’Université de Louvain, Belgique,
et lecteur à l’Université d’Harvard, États-Unis.
Il est professeur invité à l'Université de Gand, Belgique,
et président du comité scientifique de l'Organisation européenne
de prévention du cancer. Koen Kas est également titulaire d’un
doctorat en sciences biomédicales de l'Université d'Anvers et
d’un diplôme de gestion.
En 2003, le Prof. Dr. Koen Kas, spécialiste de l’oncologie moléculaire,
dirigeait les activités de Tibotec (désormais Johnson &
Johnson) en Belgique, consacrées à la recherche de médicaments
contre le cancer. Il y a constaté que la découverte de médicaments
nouveaux se heurtait à un obstacle de taille : l’impossibilité
de mesurer l’efficacité d’un nouveau médicament
potentiel sur le patient. Prenant conscience du besoin de biomarqueurs protéiques
pour suivre la réaction du patient à un médicament donné,
le Dr. Kas a pris contact avec le Prof. Joël Vandekerckhove, de l'Université
de Gand, qui développait à ce moment des technologies de protéomique
innovantes. Les Prof. Kas et Vandekerckhove ont rapidement compris les possibilités
commerciales des recherches de ce dernier et ils se sont associés,
avec l’aide du VIB (Institut interuniversitaire flamand de biotechnologie)
et de l'université de Gand, afin de constituer la société
Peakadilly, rebaptisée Pronota en octobre 2006.
Les activités de Pronota
Pronota s’emploie à développer un portefeuille de produits
de diagnostic moléculaire et pharmacodiagnostique de nouvelle génération.
La société a mis au point une technologie de plateforme baptisée
MASStermind pour explorer les protéomes d’échantillons
biologiques. MASStermind peut être utilisée pour découvrir
des biomarqueurs qui détectent des maladies plus rapidement que les
méthodes actuelles et qui peuvent distinguer les patients qui réagiront
et ceux qui ne réagiront pas à certains médicaments,
de manière à définir le traitement qui convient le mieux.
La plateforme MASStermind de Pronota permet une analyse compréhensive
et rapide des protéomes, en identifiant des milliers de protéines
par échantillon biologique. Par le contenu informatif sans précédent
qu’elle dégage, la plateforme -dont la technologie appartient
à Pronota- améliore considérablement la rapidité
et le taux de réussite de la découverte de biomarqueurs protéiques.
MASStermind fonctionne au moyen d’une série de technologies de
protéomique qui permettent un tri qualitatif et quantitatif des peptides
rapide, automatisé, hautement flexible et sensible, sans utilisation
de gels ou de marqueurs d’affinité. La stratégie de base
(publiée dans un article de Nature Biotech en 2003) comprend les étapes
suivantes :
(1) les protéines de haute abondance sont éliminées du
sérum ou du plasma,
(2) les protéines restantes sont divisées pour obtenir des peptides,
(3) le mélange de peptides complexes est fractionné par chromatographie,
(4) un sous-groupe cible de peptides est modifié chimiquement,
(5) les peptides modifiés sont isolés par une seconde chromatographie
automatisée,
(6) les peptides isolés font l’objet d’une analyse spectrométrique
de masse et
(7) les protéines sont identifiées par l’intermédiaire
d’une interrogation des bases de données au moyen d’un
logiciel dont l’entreprise est propriétaire.
Dans l’application centrale, la modification sélectionne le peptide
représentant la signature aminoterminale spécifique d’une
protéine. Un pic dans le spectre SM correspond à une masse peptidique,
qui correspond à son tour à une protéine. Pronota est
en mesure de comparer les protéomes sur la simple base du profil de
pic SM, ce qui permet de procéder à une analyse protéomique
à haut débit. Le fait de déterminer les profils de protéines
par l’intermédiaire de profils de pics fait du biomarqueur un
élément bien plus important que dans l’approche conventionnelle,
qui se fonde sur l’existence d’un seul biomarqueur pour chaque
maladie.
Outre MASStermind, la société développe actuellement
Peptide Combos. Il s’agit d’une approche basée sur la spectrométrie
de masse, qui fait usage de peptides synthétiques de référence
pour quantifier le niveau d’expression de la ou des protéines
représentées par le biomarqueur dans de grands échantillons.
Dans la mesure où il n’est pas nécessaire de générer
et de caractériser des anticorps, cette approche permet une traduction
rapide des résultats des découvertes dans un biomarqueur validé.
Auparavant, la société consacrait l’essentiel de ses ressources
à la mise au point de la technologie. Récemment toutefois, Pronota
a commencé à appliquer la technologie en vue d’identifier
des biomarqueurs potentiels pour le développement de ses propres produits
diagnostiques. Elle fournira de plus amples informations sur des projets précis
une fois que les premières étapes essentielles auront été
franchies.
Pronota propose également des services de recherche sous contrat pour
la découverte de biomarqueurs protéiques, faisant appel à
la technologie MASStermind pour identifier les biomarqueurs potentiels.
Une équipe solide
L’actuel CEO de Pronota est Nick McCooke. Auparavant, il a été
CEO de Solexa, qui a mis au point la technologie de séquençage
de l’ADN à ultra-haut débit, récemment acquise
par Illumina pour la somme de 600 millions de dollars. Précédemment,
il a été président de Rapigene Inc., Seattle, Etats-Unis,
et a occupé divers postes de direction auprès d’Innovex
(qui fait désormais partie de Quintiles Inc.). Il a entamé sa
carrière en biotechnologie chez Celltech, y exerçant diverses
fonctions de gestion commerciale. Il est titulaire d’un baccalauréat
et d’une maîtrise en ingénierie et d’une maîtrise
de la London Business School.
Pronota emploie actuellement 30 personnes, dont 26 scientifiques. La plupart
sont titulaires d’un doctorat en sciences biomédicales, en chimie
analytique et organique ou d’un diplôme d’ingénierie.
Les cadres supérieurs ont occupé des postes dans diverses sociétés
de diagnostic moléculaire (Innogenetics, ExonHit, Solexa) et ont une
vaste expérience dans un large éventail de technologies liées
à la protéomique, dans les méthodologies immunochimiques
et dans les techniques chromatographiques liquides liées aux analyses
spectrométriques de masse, et en bioinformatique.
La surface totale des laboratoires de Pronota est d’environ 1000 m2.
La plateforme ultramoderne de l’entreprise est en mesure de traiter
des échantillons de substances aussi diverses que le sang, d’autres
fluides corporels et des tissus de lignée de cellule, et comprend quatre
niveaux : préparation semi-automatisée des échantillons,
réduction de la complexité des échantillons biologiques
au moyen d’une technologie de chromatographie liquide sans gel ; spectrométrie
de masse ultra précise et sensible de l’échantillon simplifié
et, enfin, établissement de données statistiques bioinformatiques.
Forte de ses atouts, l’équipe Pronota va s’investir dans
le développement actif de sa plate-forme novatrice pour le développement
de produits de haute valeur. La société va se concentrer sur
l'oncologie, afin qu’un diagnostic efficace soit établi le plus
vite possible par le médecin. Pour prendre de vitesse le cancer…
M. HASLÉ