Juin 2003 - n°79
DESS RGTI : Une formation associant la Bio-Informatique
à la Génomique
Depuis la rentrée 2001, le DESS Ressources Génomiques et Traitements
Informatiques de l'Université Henri Poincaré (Nancy) rencontre
un succès croissant sur le marché novateur de la bio-informatique
appliquée à la génomique. Cette formation touche les
domaines de l'informatique et de la biologie, mais aussi ceux de la pharmacie
et de la chimie.
Discipline scientifique récente, la génomique s'attache à
l'étude simultanée de l'ensemble des gènes d'un organisme
vivant. Le décodage du génome humain laisse entrevoir des découvertes
exceptionnelles qui auront des répercussions directes sur toutes les
populations humaines. Les implications de la génomique dans le domaine
de la santé sont multiples : le perfectionnement des connaissances
sur le cancer et le diabète, une plus grande précision des diagnostics
des maladies héréditaires, etc… Elle viendra aussi contribuer
à l'avancement des connaissances en matière d'agriculture, de
forêt et de pêche. Toujours en lien avec les découvertes
dans le domaine de la bioinformatique, la génomique est en somme la
science de l'avenir. Un vaste domaine qui intéresse autant les industriels
en agroalimentaire que les industries pharmaceutiques, sans oublier les organismes
de recherche public…
Un secteur novateur
Pierre Leblond, enseignant - chercheur au Laboratoire de Génétique
et de Microbiologie (UMR INRA 1128) prend l'initiative de proposer le projet
de DESS à ses collègues biologistes et bio-informaticiens engagés
dans un programme de recherche du CPER 2000-2006 intitulé " Intelligence
Logicielle : Applications à la génomique et à la bio-informatique
".
C'est avec eux en 2001, dans le contexte du développement intense de
la génomique, qu'il crée le DESS Ressources Génomiques
et Traitements Informatiques (RGTI).
Le DESS dispose d'une salle informatisée, localisée dans les
locaux de la Faculté des Sciences et Techniques de l'Université
Henri Poincaré (UHP) à Vandoeuvre-lès-Nancy. Equipée
du matériel pédagogique ad hoc, elle est en accès libre
aux étudiants sur toute la période des cours théoriques.
12 postes sont disponibles avec un serveur , une imprimante laser et un accès
aux bases de données hébergées au LORIA (Laboratoire
Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications).
La formation (450 heures et 6 mois de stage) a pour objectif de former des
cadres dans les biotechnologies, dans le domaine de la génomique. Cette
discipline requiert des échanges à l'interface de la biologie
et de l'informatique. Des étudiants de formation initiale "génétique"
ou "informatique" sont accueillis dans la formation. Cela permet
de produire des compétences différentes selon l'origine de l'étudiant.
"Les étudiants de cette promotion sont biologistes (généticiens
moléculaires ou biochimistes de formation initiale), cependant, un
cursus alternatif permet de recruter des informaticiens dans la formation
", explique Pierre Leblond. " Les cours de "biologie"
consistent à poser les questions de la génomique actuelle et
à montrer les outils de bioanalyse disponibles. Les informaticiens
exposent les méthodes disponibles en informatique permettant de traiter
les problèmes des biologistes. Il y a rencontre des questions du biologiste
et des moyens proposés par l'informatique."
Valoriser ses acquis en génétique
et informatique
L'admission au DESS RGTI requiert de posséder les diplômes suivants
:
- Maîtrise de Biologie cellulaire et Physiologie, de Biologie des Organismes,
de Biochimie. Les étudiants auront suivi des enseignements de génétique.
- Maîtrise scientifique en informatique. Les étudiants issus
d'autres formations seront admis sur équivalence.
La sélection est réalisée sur dossier puis entretien.
Le DESS est également proposé en formation continue. Cette dernière
permet d'accompagner les projets scientifiques de laboratoires privés
ou publics dans la transformation des compétences dans ce domaine et
constitue une réponse au développement croissant des applications
de la génomique.
Issu d'un cursus "Génétique", l'étudiant valorisera
donc ses acquis en génétique et génomique dans le domaine
de l'exploitation informatique des données de séquences des
génomes. Capable de dialoguer avec l'informaticien, il sera en mesure
de proposer des principes de traitement informatique grâce à
sa maîtrise des problématiques nouvelles en génétique
et génomique.
Quant à l'étudiant issu d'un cursus "Informatique",
il valorisera ses acquis en informatique en abordant les problématiques
soulevées par la masse de données issues des programmes de séquençage
systématique des génomes et de leur exploitation. Il sera alors
en mesure de créer des outils d'analyse approfondie de séquences
répondant à de nouveaux questionnements en génomique.
"Les étudiants deviennent bioanalystes avertis en comprenant le
fonctionnement des algorithmes, et sont en mesure de programmer leurs propres
scripts et algorithmes pour répondre à de nouvelles questions
ou créer des plate-formes logiciels ou des bases de données
biologiques." rajoute Pierre Leblond.
Les cours pratiques sont omniprésents avec la réalisation d'un
projet tutoré et des cours devant machine. Des conférences et
interventions de partenaires industriels sont organisés dans ce cadre.
Le stage dure 6 mois en fin d'année, en entreprise privée ou
laboratoire public ou parapublic.
Le projet tutoré donne lieu à une soutenance en anglais et le
stage en entreprise donne lieu à la rédaction d'un rapport et
d'une soutenance. Dans les deux cas, un jury attribue une note. Ce sont les
deux seuls examens !
"La première année nous avons accueilli 12 étudiants
(dont un qui a dû interrompre son cursus pour raison de santé)",
précise Pierre Leblond. "Onze ont donc obtenu leur diplôme
(7 sur 11 étaient en CDD ou CDI à l'issue de la période
de stage, ce qui nous semblait très satisfaisant). Cette année
nous avons 9 inscrits. Sur les deux ans, nous avons accueilli 3 formations
continues. C'est un aspect important du secteur (réorientation méthodologique
au sein des entreprises et laboratoires)."
Un DESS qui bouge !
En parallèle, les étudiants du DESS ont créé leur
association baptisée "D'GIN". Elle représente un support
de communication efficace vers les professionnels et les étudiants
intéressés par la génomique. De plus, c'est une "vitrine"
permettant d'initier le grand public à l'évolution croissante
de la Bio-informatique. L'association a aussi un autre atout et non des moindres…
Le milieu de la recherche en génomique étant encore assez secret,
beaucoup d'entreprises évitent de parler de leurs travaux. D'où
la difficulté pour les étudiants de cibler leur recherche de
stage ou d'emploi ! L'association met donc à leur disposition une base
de données intranet pour les aider dans leurs démarches.
Cette année l'association des étudiants du DESS a organisé
avec le DESS RGTI et le LORIA, une manifestation intitulée "Bio-informatique
: les enjeux actuels", une journée de conférences qui a
eu beaucoup de succès grâce à l'implication des étudiants
(cf. le site du DESS).
Les compétences des étudiants s'appliqueront dans les domaines
de la génétique fondamentale, de l'agro-alimentaire, de la pharmacologie
et de la génétique humaine.
Les lauréats peuvent prétendre à des emplois de cadres
dans la R&D des entreprises de l'agroalimentaire, de la pharmaceutique...
Les objectifs du DESS Ressources Génomiques et Traitements Informatiques
sont d'intégrer des étudiants de formations plus diverses :
informatique mais également pharmacie ou encore chimie. Mais aussi
de poursuivre et de faire évoluer le DESS dans les nouvelles maquettes
LMD qui sont actuellement à l'étude. Le développement
de la génomique et de la bioinformatique à Nancy viendra conforter
son succès grandissant.
MH