Septembre 2007 - n°124
Le site de Fontainebleau de l’Ecole des Mines de Paris
célèbre ses 40 ans
Gros plan sur son Centre de recherche en Bioinformatique…
Voici déjà 40 ans que l’Ecole des Mines de Paris
a investi de nouveaux locaux dans la ville de Fontainebleau (77). Initialement
dédié aux sciences de la terre et de l’environnement,
le site a ensuite accueilli trois centres de mathématiques appliquées.
Aujourd’hui il étend ses activités à la recherche
médicale et à la bioinformatique.
Nous vous proposons de découvrir plus précisément ce
campus et, en particulier, son Centre de Bioinformatique dont le directeur
– M. Jean-Philippe VERT – a récemment reçu la Médaille
de Bronze du CNRS…
De Paris à Fontainebleau…
Fondée en 1783, l’Ecole des Mines de Paris est installée
depuis 1816 dans l’ancien hôtel Vendôme, boulevard Saint
Michel, au cœur du quartier Latin. L’Ecole est un établissement
public à caractère administratif sous la tutelle du Ministère
chargé de l’Industrie. Elle assure six types de formations :
Corps des Mines, Ingénieurs civils des Mines, mastères spécialisés,
doctorats, Institut Supérieur des Techniques et Master DNM (pro et
recherche).
Ces formations s’appuient sur 14 centres et 2 pôles de recherche
du meilleur niveau académique, en liaison étroite avec l’Industrie.
Leur domaine d’expertise couvre depuis la Science des Matériaux,
les Sciences de la Terre, l’Energétique, et Génie des
Procédés, les Mathématiques Appliquées aux Sciences
Economiques et Sociales. Près de 2000 personnes, dont plus de 250 enseignants-chercheurs
et 400 doctorants, collaborent au sein de ces différentes entités.
Il y a tout juste 40 ans, l’Ecole des Mines a décidé de
s’implanter sur deux nouveaux sites franciliens - Evry et Fontainebleau
-, avant d’étendre ses infrastructures sur Sophia Antipolis,
en 1976.
A Fontainebleau, dès 1967, l’Ecole s’est installée
dans l’ancien internat d’un lycée. Elle s’est agrandie
ensuite, jusqu’à compter au total aujourd’hui un domaine
de quatre hectares, de part et d’autre de la rue Saint Honoré.
Quatre champs de recherche sont désormais représentés
sur le site de Fontainebleau : Sciences de la Terre et de l’Environnement,
Mathématiques appliquées – informatique – automatique,
Génie des Procédés Energétiques, et Bioinformatique ;
auxquels s’ajoute l’Institut Supérieur d’Ingénierie
et Gestion de l’Environnement (ISIGE).
Le CBIO, Centre de recherche en Bioinformatique
Le Centre de Bio-informatique (CBIO) est un centre de recherche commun à
l’Ecole des Mines et à Armines, fondé le 1er janvier 2006.
Il a pour objectif, au-delà de l’enseignement en biotechnologie,
de développer des méthodes mathématiques et informatiques
innovantes, en réponse aux besoins croissants des sciences du vivant.
Son équipe se compose de trois chercheurs et enseignants-chercheurs
permanents, un chercheur post-doctorant et quatre étudiants en thèse.
A la tête de cette équipe, M. Jean-Philippe VERT s’est
récemment vu remettre la Médaille de Bronze du CNRS. Une distinction
qui récompense ce chercheur pour ses travaux en modélisation
des systèmes biologiques et bioinformatiques.
Les recherches menées au sein de CBIO sont ainsi consacrées
au développement de méthodes mathématiques et d’algorithmes
pour l’ère post-génomique. Elles sont axées en
particulier sur l’élaboration de modèles probabilistes
et de méthodes d’apprentissage statistique visant à analyser
des données fournies par les technologies dites à “ haut
débit ” en biologie et médecine, telles que le séquençage
de génome, les biopuces ou la chimie combinatoire.
De nombreuses applications sont envisagées dans la recherche contre
le cancer et le paludisme, ou encore, dans le domaine du criblage virtuel
de nouveaux médicaments.
“ En matière de criblage virtuel, l’objectif est de
trouver une molécule susceptible d’interagir avec une cible thérapeutique
donnée ”, explique Franck RAPAPORT, doctorant en 3ème
année au sein du CBIO. “ Les techniques de criblage
virtuel permettent, dans un temps réduit et à moindre coût,
d’évaluer par simulation la correspondance entre la cible et
des centaines de milliers de molécules afin de réduire à
un petit nombre, le groupe de molécules candidates à évaluer
à un niveau expérimental… ”
Des collaborations avec les plus grands acteurs
dans le domaine de la santé et des sciences du vivant
Reconnue à l’échelle internationale, l’expertise
de l’Ecole des Mines de Paris en mathématiques appliquées
et informatique est à l’origine de la création du Centre
de Bioinformatique. Cette expertise, alliée au profil international
de Jean-Philippe VERT, a facilité les collaborations avec les grands
instituts de recherche français tels que l’Institut Pasteur,
l’Institut Curie et les universités de Washington, Berkeley et
Davis aux Etats-Unis ou celle de Kyoto au Japon.
Le partenariat avec les universités américaines (soutenu par
le National Institute of Health) a mis l’accent sur le développement
de méthodes d’apprentissage statistique pour analyser et intégrer
des données génomiques hétérogènes, le
but étant de prédire les structures et fonctions de l’ensemble
des protéines de la levure.
La collaboration avec l’Université de Kyoto se focalise, quant
à elle, sur le criblage virtuel de molécules et la reconstruction
de voies métaboliques et de réseaux génétiques.
Le centre de bioinformatique de l’Ecole des Mines de Paris a également
entamé une collaboration avec des chercheurs du CEA Grenoble, avec
le soutien de la Ligue contre le Cancer. Ce partenariat vise à développer
des méthodes d’analyses pour une nouvelle technologie de puces
à cellule et à modéliser l’action du SiRNA en chimiothérapie.
“ Un projet européen, avec notamment la start-up Genewave
et des partenaires espagnols et italiens, se concentre par ailleurs sur le
développement de nouveaux types de puces à ADN ne nécessitant
pas l’utilisation de scanners ”, ajoute M. VERT. “ Enfin,
dans le cadre du pôle de compétitivité Medicen, en collaboration
avec plusieurs partenaires industriels et académiques, notre Centre
participe au projet Biotype pour la caractérisation de différents
types de tumeurs… ”
Précisons pour conclure qu’au-delà du secteur de la santé
et de l’industrie pharmaceutique, le Centre de Bioinformatique de l’Ecole
des Mines de Paris intéresse également le secteur de l’industrie
agro-alimentaire et de l’environnement…