Juillet 2006 - n°112

ATRAGENE : la Biointégration® au service de l’informatisation de votre R&D

Aujourd’hui, l’utilisation de l’outil informatique dans les laboratoires de recherche est devenue incontournable, que ce soit en matière de support (base de données, puissance de calcul, portail web…) ou en tant qu’outil d’aide à la décision (traitement de grande quantité de données, simulation…).

ATRAGENE, société d’informatique spécialiste des sciences de la vie, travaille tout particulièrement à l’intégration, l’analyse et au partage des données et des applications métiers pour la R&D : bio-informatique, chémo-informatique et modélisation moléculaire.
Au travers d’environnements informatiques homogènes et sécurisés, ATRAGENE renforce la capacité d’innovation deséquipes de recherche, tout en garantissant la continuité et l’intégrité des flux de données.

Une réponse aux besoins d’informatisation des laboratoires

A l’origine de la société ATRAGENE, trois hommes aux expériences complémentaires :
=> Alain MALPERTUY, aujourd’hui gérant d’ATRAGENE, est issu du laboratoire de Génétique Moléculaire des Levures, dirigé par le Pr Bernard DUJON à Institut Pasteur ;
=> David POLVERARI, Directeur technique du département Research Informatics, a exercé au sein du laboratoire de Biophysique du Muséum National d’Histoire Naturelle, du Pr Claude HELENE ;
=> Olivier LEMAITRE, Directeur technique du département Conseil, s’est constitué une solide expérience en développement informatique au sein de différentes SSII.
C’est au cours de leurs thèses, face au manque d’outils disponibles pour caractériser les génomes, créer des chaînes d’analyses et tout simplement partager les données avec leurs collaborateurs, que M. MALPERTUY et M. POLVERARI ont eu l’idée de créer une société répondant à l’ensemble de ces besoins.
Le projet d’entreprise, initié fin 1999, se distingue tout d’abord comme lauréat du concours 2001 de la Fondation Aventis – Institut de France. Bénéficiant de la formation Challenge + HEC, puis du soutien de l’équipe Genopole® Entreprise, les jeunes chercheurs créent officiellement leur société fin 2001. Un an plus tard, forte d’une année de maturation supplémentaire, l’activité ATRAGENE est véritablement lancée. L’équipe est alors hébergée au sein de la pépinière de Genopole® Entreprise, avant d’emménager en décembre 2004 dans ses locaux actuels, toujours à Evry.
ATRAGENE réunit aujourd’hui huit collaborateurs : informaticiens, bioinformaticiens et chemo-informaticiens. Sept d’entre eux possèdent un niveau de formationégal ou supérieur à bac + 5

Du métier d’éditeur de logiciels à celui d’intégrateur de technologies pour la R&D…

Le métier d’ATRAGENE a sensiblement évolué depuis la création de l’Entreprise. Initialement centré sur l’édition de logiciels bioinformatiques et les prestations de service en « informatique classique », il s’est en effet largement étendu en 2005 à l’intégration des nouvelles technologies de l’information appliquées au processus de R&D avec la mise en place d’environnement informatique collaboratif pour la capture, l’analyse et le management des données de chimie et de biologie générées par les laboratoires de recherche.

Fin 2005, pour accélérer son développement, l’Entreprise décide de segmenter ses activités en créant de deux départements :

=> Atragene Research Informatics, pour accompagner les structures de recherche dans les différentes phases de design, de développement et de déploiement de solutions informatiques dédiées à leur processus métiers ;

=> Atragene Conseil, pour l’assistance maîtrise d’ouvrage, l’assistance technique informatique, la maintenance réseau, le développement de solutions internet & intranet.

En parallèle, ATRAGENE poursuit une activité importante de R&D, de veille et d’évaluation de nouvelles technologies.

Pour des solutions informatiques globales, modulaires et évolutives

« Plus que de technologies, le marché est à la recherche de solutions technologiques; des solutions globales (logicielle et matérielle), modulaires et évolutives », remarque M. Guillaume BURTIN, Responsable Marketing et Commercial d’ATRAGENE.
Très tôt, la société ATRAGENE a donc développé ses activités à travers une politique de partenariat constructive. Elle a su fédérer autour du concept de Biointégration® des partenaires de référence, intégrateurs et constructeurs de matériel informatique, en mesure de fournir les différentes briques technologiques (CLE, LIMS, base de données, serveur…) pour gérer les échantillons et les protocoles expérimentaux, stocker et analyser les données et les résultats biologiques.

Parmi les partenaires d’ATRAGENE, on trouve :
=> la société Serviware, spécialiste de l’implémentation d’infrastructures matérielles et leader français de la mise en place de solutions de calcul intensif ;
=> le groupe Sun Microsystems, grand constructeur américain, qui par l’intermédiaire d’un des responsables marketing français Olivier DEPRAZ – soutient ATRAGENE depuis deux ans dans l’organisation de forums métier et lui donne ainsi les moyens de communiquer sur tout l’Hexagone. Une dizaine de rencontres se sont d’ores et déjà tenues sur Paris, Lyon et Toulouse. Le dernier forum pharma/biotech s’est tenu à Lyon en novembre dernier. Il était consacré à l’utilisation des nouvelles technologies informatiques (Workflow, SOA…) pour faciliter l’intégration, le partage et la sauvegarde des données et des applications métiers en R&D.
A noter également les partenariats engagés par ATRAGENE avec Accelrys/Oracle pour l’intégration de composants métiers en chemo-informatique (DS Accord chemistry cartridge, DS accord for Excel…) ainsi qu’avec la société Klee Group, éditrice de logiciels, autour de la technologie Kalabie. « Il s’agit d’un progiciel paramétrable dont une des applications phares est le CLE », nous explique M. MALPERTUY. « Cette solution a notamment été déployée dans plusieurs gros laboratoires, dont les Laboratoires Pierre Fabre, Serono, ou encore, Sanofi-Aventis…. »
ATRAGENE, enfin, a noué des collaborations importantes avec plusieurs laboratoires académiques sur des problématiques spécifiques de méthodologie. Citons pour exemples ses relations développées avec l’équipe de Bioinformatique Génomique et Moléculaire (INSERM U726) de l’Université Paris 7 pour la conception de chaînes d’analyses, ou encore, avec le Dr Sophie ROME de l’équipe « Régulation nutritionnelle de l’expression des gènes », Unité mixte Inserm/Inra 1235, pour la validation d’approches bioinformatiques...

Quelques exemples de réalisations concrètes…

Depuis sa création, ATRAGENE a réalisé plus d’une trentaine de projets pour une vingtaine d’organisations, notamment pour le Groupe Air Liquide, Novogali Pharma, Nautilus Biotech, Vaxon Biotech, Obetherapy, Nokad technologie, ou encore, pour le service de génomique fonctionnelle du CEA…
=> pour Nautilus Biotech, ATRAGENE a travaillé à la conception et au développement d’une plate-forme collaborative pour la valorisation de données de protéomique.
=> pour le service de Génomique Fonctionnelle du CEA et l’Institut de Génétique Humaine de Montpellier, notamment, ATRAGENE a développé un logiciel et une chaîne d’analyse visant à étudier les mécanismes de régulation de l’expression des gènes.
A son actif également, la Bioinformation Card : conception et développement d’une plateforme intégrant plus d’une dizaine de banques de données (génétique, structure, séquence, médicale, réseau de gènes…) pour fournir des fiches de synthèse des connaissances pour chaque gène (chez l’humain) ; avec un système dynamique, paramétrable en fonction du profil de l’utilisateur.
« Notre équipe se positionne comme un partenaire sur le long terme, et non comme un simple fournisseur de technologies » souligne M. BURTIN. L’un des atouts clés de la société réside, à ce titre, dans sa grande connaissance des métiers des sciences de la vie. De la génomique à la chimie médicinale, ATRAGENE est en effet capable d’appréhender le processus métier de ses clients, et de fournir la solution informatique la plus appropriée et au meilleur coût.

A travers ses département Research Informatics et Conseil, ATRAGENE intervient tant pour le compte des grands groupes pharmaceutiques que pour les sociétés de biotechnologies matures et les start-ups. Conception de plates-formes collaboratives, création de chaînes d’analyses, mise en place de portails web, workflow, intégration d’outils d’analyses et de prédiction… comptent parmi les prestations qui lui sont les plus demandées.

Fort de son savoir faire technologique et de son expérience dans la conduite de projet, la société, profitable dès son premier exercice, enregistre depuis 2003 une croissance de son chiffre d’affaires facturé de plus de 45 %. L’objectif ambitieux pour l’année en cours est de doubler le chiffre d’affaires réalisé en 2005.

Après trois années d’activité, ATRAGENE entend aujourd’hui conforter ses activités au niveau national, et en particulier en région Rhône-Alpes où l’implantation d’un bureau est actuellement à l’étude. A moyen terme, l’Entreprise souhaite également se tourner vers les pays européens frontaliers et recruter deux collaborateurs supplémentaires : un ingénieur commercial et un ingénieur informaticien.

Pour en savoir plus, ATRAGENE vous donne rendez-vous sur le salon EuroBiO, du 25 au 27 octobre prochains à Paris, et sur EuroCancer, du 27 au 29 juin 2006

SD