L’Institut Cochin est placé sous la co-tutelle administrative de l’Inserm, du CNRS et d'Université Paris Cité. Implanté en plein cœur de Paris, sur le site de l’Hôpital Cochin-Port-Royal (AP-HP Centre). Les axes forts de recherche de l’Institut sont le cancer, l‘immunologie, l’endocrinologie-métabolisme, la microbiologie et la plasticité cellulaire et reproduction.

La plateforme GENOM’IC fournit des prestations de service basées sur le séquençage haut débit (NGS), prestations incluant la production et l’analyse des données destinées à tout type d’équipe. GENOM’IC est plus particulièrement spécialisée dans le domaine de l’analyse du transcriptome (Bulk RNA-seq, scRNA-seq, transcriptomique spatiale) et adapte ses outils et méthodes aux besoins des équipes de recherche.

Description du poste :
Mission principale
L’assistant ingénieur assurera la prise en charge opérationnelle des projets Bulk RNA-seq (~100 projets et ~2 000 échantillons/an) et participera au fonctionnement général de la plateforme. Il sera placé sous la responsabilité technique d’un assistant ingénieur statutaire.

Activités principales
• Conduire un ensemble de techniques utilisant le séquençage haut débit (NGS) : préparer les banques de séquençage pour des applications variées, assurer le fonctionnement optimal des différents instruments (Tapestation Agilent, séquenceurs MiSeq et NextSeq 2000 Illumina), interpréter les contrôles qualité des données brutes, rédiger les suivis de projets et de facturation des clients
• Interagir avec le client et les bio-informaticiens de la plateforme pour le suivi du projet ; communiquer et gérer les relations avec les fournisseurs
• Commander et gérer les stocks de consommables
• Participer à la démarche qualité ISO9001-2015 et NFX50-900

Spécificité(s) et environnement du poste
• Travail en pièces pré-PCR et post-PCR

Connaissances
• Bonne connaissance générale de la biologie moléculaire
• Connaissance générale de la génomique et des techniques qui s’y rapportent
• Connaissance générale en biologie
• Anglais : écrit et compréhension orale nécessaire aux échanges avec les utilisateurs
(niveau B1 minimum)

Savoir-faire
• Maîtrise de la manipulation d’équipements usuels de laboratoire
• Maîtrise de l’organisation de son travail et gestion d’un planning
• Maîtrise des outils de bureautique

Aptitudes
• Aptitude à travailler en équipe et sur plusieurs projets
• Bonne compréhension des problématiques biologiques ; curiosité scientifique
• Adaptabilité, capacité à intégrer de nouvelles approches
• Rigueur
• Capacités de vulgarisation et de transmission des connaissances

Expérience(s) souhaité(s)
• Une expérience en biologie moléculaire et/ou en séquençage sera appréciée
Niveau de diplôme et formation(s)
• BAC +2/3