La société américaine Codex DNA, née des travaux emblématiques de Craig VENTER et de Daniel GIBSON dans le domaine de la biologie de synthèse, s’implante en direct en France et révolutionne vos recherches en génomique !

La société Codex DNA, implantée en France depuis quelques mois, valorise plus de quinze années de recherche et de ruptures technologiques dans le domaine de la génomique. C’est en effet dans les laboratoires de Craig VENTER et de Daniel GIBSON, figures emblématiques de la biologie de synthèse, associés au prix Nobel Hamilton SMITH, que l’Entreprise trouve ses origines.

Sa mission ? Proposer des outils, des réactifs et des méthodologies qui permettent la construction et l’expression rapide et précise de grandes quantités de gènes synthétiques en toute simplicité et à un coût réduit. Les applications sont nombreuses : de la recherche fondamentale au biomédical et à l’industrie, notamment pour le développement de vaccins et la découverte de médicaments, la médecine personnalisée, l’ingénierie des anticorps, l’optimisation des enzymes (biocarburants - environnement) ou des espèces (agronomie) voire le stockage de données en codant grâce à des séquence d’ADN.

Michel POPIELARZ, PhD., fort de plus de vingt-cinq ans d’expérience commerciale et managériale sur le marché des sciences de la vie, a rejoint Codex DNA en avril dernier aux fonctions de Regional Business Development. Basé en région lyonnaise, il est votre interlocuteur direct en France pour toute problématique liée à la synthèse d’ADN et vous accompagne dans la mise en œuvre des solutions Codex DNA, révolutionnaires pour construire la biologie de demain. Gros plan !

Un précieux héritage et une nouvelle dynamique tournée vers l’Europe

Codex DNA [anciennement SGI-DNA] est une spin-off de la société Synthetic Genomics Inc. (SGI), née en 2005 aux Etats-Unis des travaux de Craig VENTER, Daniel GIBSON et du prix Nobel Hamilton SMITH dans les domaines du génome et de la synthèse de cellules artificielles réplicables. L’héritage est prestigieux ! Graig VENTER, pionnier incontestable de la génomique, est notamment l’inventeur des EST (expressed sequence tags) et du séquençage génomique automatisé. Aux côtés de Daniel GIBSON, lui-même inventeur de la méthode de référence Gibson Assembly® pour la synthèse et l’assemblage d’ADN, et du prix Nobel - Hamilton SMITH - qui a découvert les enzymes de restriction de type II. Craig VENTER s’est illustré en réalisant le tout premier séquençage de génome microbien en 1995, puis en contribuant à partir de 1998 au séquençage du génome humain. Ensemble, ils ont ensuite travaillé à la construction du premier génome bactérien synthétique en 2008, suivi en 2010 de la première cellule bactérienne synthétique, une cellule bactérienne auto-réplicante conçue dans l'ordinateur et portée à la vie par synthèse chimique, sans aucun morceau d'ADN naturel.

Le Dr Daniel GIBSON - qui a intégré le J. Craig Venter Institute (JCVI) en tant que post-doctorant en 2004, avant d’y exercer comme professeur dans le groupe de biologie synthétique - a rejoint la société Synthetic Genomics en 2011, puis co-fondé sa filiale SGI-DNA, en 2013, où il continua de développer avec son équipe de nouveaux outils pour la conception du génome entier, la synthèse et l’assemblage de l’ADN. De ces travaux, est né le système BioXp™, le premier et le seul instrument au monde entièrement automatisé pour la synthèse de gènes à haut débit. « Pendant plusieurs années, l’activité commerciale de la société est cependant restée peu valorisée, en particulier en Europe où SGI-DNA n’était pas représentée », remarque Michel POPIELARZ. « Mais depuis 2019, suite à son rachat par Todd R. NELSON et forte d’investissements importants, l’Entreprise est entrée dans une nouvelle dynamique ! En Europe notamment, et ce malgré la crise sanitaire du SARS Cov-2, elle a initié une stratégie active de recrutement et la mise en place de plusieurs partenariats techniques et commerciaux afin d’augmenter sa visibilité, faire connaitre son offre et pouvoir répondre rapidement à tous les besoins des laboratoires souhaitant synthétiser rapidement et simplement l’ADN ».

Depuis avril dernier par ailleurs, dans le contexte toujours de son développement à l’international, SGI-DNA a changé de nom, pour s’appeler désormais Codex DNA. « Un nouveau nom choisi en rapport avec sa signification de « manuscrit ancien ». Existe-t-il en effet un manuscrit plus ancien et plus essentiel que le code inscrit dans l'ADN de tout être vivant ? », déclarait dans un communiqué Todd R. NELSON, Ph.D., PDG de Codex.

A l’interface des mondes numérique et biologique, Codex DNA révolutionne la biologie synthétique !

Avec pour credo de « construire la biologie », vingt ans après la cartographie du génome humain et d'énormes progrès techniques dans la lecture et la compréhension de l'ADN, Codex DNA offre à la communauté scientifique mondiale les solutions qui lui permettent de passer à l’étape suivante : concevoir, coder et créer rapidement, en toute sécurité et à moindre coût, de l'ADN synthétique, afin de participer aux nouvelles avancées pour la santé de l’homme et l’avenir de la planète ! « De la même manière que les développeurs de logiciels créent de nouvelles applications informatiques, nous voulons aider les laboratoires à s’affranchir de ce qui était perçu comme une étape limitante et ainsi les inviter à imaginer des applications que la biologie synthétique rend aujourd’hui possible. La lecture (séquençage) rapide de l’ADN est utilisée depuis longtemps. Son écriture (synthèse) est désormais à la portée de tout le monde, ce qui est une avancée majeure en Biologie », explique Michel POPIELARZ.

L’offre de Codex DNA s’adresse à tous les laboratoires faisant appel à l’ingénierie ou à l’optimisation des protéines, ce qui inclut bien évidemment les anticorps, les antigènes, les enzymes. « Nos clients peuvent maintenant synthétiser des génomes entiers. Par exemple, il nous a fallu 5 jours pour générer le génome complet du SARS-CoV-2 vecteur de la COVID19 » précise Michel POPIELARZ. « Le secteur des biotechnologies et la pharmaceutique sont directement concernés avec le développement notamment de la médecine personnalisée, la découverte de vaccins et de médicaments, l’ingénierie des anticorps… mais aussi le monde de la recherche académique qui reste très impliqué dans les constructions d'ADN, de même que les prestataires de services en biologie de synthèse qui trouvent dans notre solution automatisée BioXp™ l’opportunité d’augmenter considérablement leur productivité. »

BioXp™ 3250, une plate-forme de toute dernière génération pour automatiser, accélérer et optimiser la conception et la synthèse d'ADN

Codex DNA propose depuis août dernier une toute nouvelle version de sa plate-forme de synthèse de gènes, BioXp™ 3250, automatisant la méthode créée par Daniel G. GIBSON, Gibson Assembly®, pour associer plusieurs fragments d'ADN et construire ainsi des gènes et des génomes, dans une seule réaction isotherme. Encore plus rapide et entièrement qualifiable (IQ/OQ/PQ), l’instrument est par ailleurs compatible avec les nouvelles applications à venir. Le système BioXp™ demeure de fait le seul instrument de biologie de synthèse au monde, entièrement automatisé pour la construction rapide de clones d’ADN, de bibliothèques de variants, de fragments de gènes ou de génomes entiers.

« Installé sur la paillasse de votre laboratoire, le BioXp™ 3250 est capable de synthétiser jusqu’à 32 gènes (32 fragments d’ADN double brin) par nuit et lier ces fragments les uns avec les autres afin d’obtenir des gènes pouvant compter jusqu'à 7 000 paires de bases, avec une excellente précision et des taux d’erreur sans précédent », explique M. POPIELARZ. « Le nouveau système BioXp™ 3250 offre également la possibilité d’insérer ces gènes dans n’importe quel vecteur sans avoir besoin de communiquer leurs séquences à quiconque. Vous obtenez vos plasmides circulaires dès le lendemain matin. Il peut aussi amplifier les constructions plasmidiques pour obtenir automatiquement entre 10 à 20 µg d’ADN en quelques heures ».

En résumé, grâce au BioXp™ 3250, vous bénéficierez de :
- la rapidité d’exécution : vos constructions sont obtenues en seulement quelques jours, contre plusieurs semaines voire mois jusqu’alors…
- la qualité, grâce à un processus de correction propriétaire en deux étapes qui garantit un taux d'erreur de 1:30000. « De loin le taux d'erreur le plus bas du marché à ce jour ! », assure M. POPIELARZ.
- la confidentialité, car nul besoin de partager vos vecteurs ni leurs séquences ;
- la simplicité d’utilisation : aucune programmation n’étant requise.

Codex DNA a pour ambition de démocratiser la biologie synthétique, et le lancement du système BioXp™ 3250 est une étape majeure vers la réalisation de cette mission !

Les réactifs Gibson Assembly®, les plus fiables au monde pour créer simplement et rapidement des constructions d’ADN haute-fidélité

Méthode de clonage moléculaire de référence, la Gibson Assembly® peut également être mise en œuvre sur la paillasse. Codex DNA vous propose deux gammes de réactifs :
- les réactifs « Gibson Assembly® Ultra kits », capables de générer de très longues constructions et ce avec une excellente fidélité. « Ces kits designés par Daniel GIBSON incluent de plus les droits d’usage de la méthode Gibson Assembly® », souligne M. POPIELARZ. Deux bonnes raisons de les adopter !
- les réactifs « Gibson Assembly® RapidAMP™ kits » qui permettent d’amplifier vos plasmides pour obtenir très rapidement des quantités bien supérieures à 10µg d’ADN, et ce, sans endotoxine.

Au-delà, pour des quantités de protéines ou d’ADN encore plus grandes, les cellules « Vmax™  », développées à partir d’une bactérie marine Vibrio natriegens, sont LA solution. Elles se divisent deux fois plus rapidement que E. coli, avec un taux d’expression beaucoup plus élevé. Un rendement 50 fois supérieur à E. coli a pu être observé avec pACYC184 et ce en trois fois moins de temps !

Sachez enfin que Codex DNA propose également une vaste gamme de services. De la simple synthèse de gènes à la construction complexe de génomes synthétiques complets, ses experts disposent des meilleurs outils et des capacités d’échelle pour répondre aux commandes les plus exigeantes, avec une excellente qualité et des délais d'exécution courts.

Actualité Covid-19 !

La pandémie COVID-19 a plus que jamais soulevé l’importance de raccourcir le temps de R&D pour disposer rapidement d’outils de diagnostic, d’un traitement ou d’un vaccin. La mise à disposition du génome du SARS-CoV-2 et/ou la synthèse rapide des gènes viraux contribue fortement à réduire les délais nécessaire au développement de vaccins, de plusieurs semaines à seulement quelques jours.

« Très tôt, nos équipes se sont également mobilisées pour proposer à la communauté scientifique des outils et des ressources sur le SARS-CoV-2. Grâce à notre capacité à produire très rapidement des séquences d’ADN double-brin, nous avons pu synthétiser différentes versions du SARS-CoV-2 et sommes à la disposition des chercheurs pour créer à façon d’autres variants du virus ou encore des génomes d’autres organismes », ajoute Michel POPIELARZ. « Un tarif spécifique sur nos instruments est par ailleurs accordé aux laboratoires travaillant sur la Covid-19 ! »

Codex DNA… plus proche de vous et de vos besoins

La société Codex DNA réunit aujourd’hui près de 70 collaborateurs à travers le monde. Elle est basée à San Diego (Etats-Unis) où elle concentre ses activités de R&D, de production et de services à façon.
En Europe, Codex DNA a récemment étendu ses opérations avec un siège social au Royaume-Uni, ainsi que des bureaux comportant un service client, une unité de fabrication et de logistique en Italie. Elle a donc recruté fortement pour constituer en quelques mois une équipe européenne associant représentation commerciale et support technique et scientifique de haut niveau. Le service après-vente pour l’Europe est quant à lui assuré depuis l’Allemagne.

La Grande-Bretagne, l’Allemagne, le Benelux, la Suisse, l’Autriche, les pays scandinaves et la France disposent désormais d’une couverture en direct. « L’Italie, l’Espagne et le Portugal sont aujourd’hui gérés par un réseau de distributeurs, de même que l’Asie et le continent africain », ajoute M. POPIELARZ.

« Les recrutements également se poursuivent, notamment en Europe où nous recherchons aujourd’hui un field application scientist », ajoute Michel POPIELARZ. « Enfin, nous organisons régulièrement des webinaires – nous préparons d’ailleurs un Users’ club meeting qui se tiendra virtuellement - et nous souhaiterions développer davantage nos partenariats avec des laboratoires académiques, utilisateurs et vitrines des technologies Codex DNA… »

Pour en savoir plus :
Michel POPIELARZ, Business Development Codex DNA
Tél. : 06 30 70 59 43
michel@codexdna.com - www.codexdna.com

S. DENIS


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