Anaïs CERTAIN, directrice de la plateforme de biopsie liquide de l’institut PITOR, témoigne d'une collaboration exemplaire avec Beckman Coulter Life Sciences !
Dans le domaine très prometteur de la biopsie liquide et du suivi non-invasif des transplantations, peu de laboratoires dans le monde affichent une montée en cadence aussi spectaculaire que la plateforme de biopsie liquide, dirigée par Anaïs CERTAIN. Cette plateforme, implantée au sein du Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC - INSERM/Université Paris Cité), est une composante de l’institut PITOR [Paris Institute for Transplantation & Organ Regeneration], sous la supervision du Pr Alexandre LOUPY.
Anaïs CERTAIN témoigne de son parcours et nous livre les clés de ce changement d’échelle, porté par l’acquisition de l’automate de pipetage Biomek i5, l’utilisation des Kits d’Extraction de cfDNA Apostle MiniMax™ et l’accompagnement de l’équipe Beckman Coulter Life Sciences. Une vraie révolution pour l'extraction d'ADN circulant ! Entretien…
Quelques mots pour vous présenter et expliquer le contexte de création de la plateforme de biopsie liquide ?
Anaïs CERTAIN : « Je suis biotechnologiste de formation et je travaille depuis plus de huit ans dans le domaine de la santé. Après une première expérience de la recherche au sein d’une équipe de recherche dédiée à l’ex vivo, j’ai exercé quelques mois dans l’industrie pharmaceutique, où j’ai pu découvrir une automatisation massive. Mais la recherche me manquait et j’ai décidé en 2021 de réintégrer le monde académique en rejoignant l’équipe du Pr LOUPY, mondialement reconnue pour ses découvertes dans le domaine de la transplantation, et notamment du rejet de greffe.
Dans cette unité, composante de l’institut PITOR, ma mission vise à développer la biopsie liquide pour des applications cliniques innovantes, en particulier dans la transplantation d'organes. Notre plateforme réunit aujourd’hui sept personnes, entre technique et gestion des données. Le cœur de nos activités, à l’interface de la recherche et de la clinique, repose sur l’analyse du « cell-free DNA » [ADN libre circulant], biomarqueur non invasif pour le suivi des greffons... »
Pourquoi ce biomarqueur et quelles sont vos premières avancées ?
« À la suite d’un congrès aux États-Unis, notre directeur d’équipe de recherche a identifié le potentiel du biomarqueur « cell-free DNA » et a entrepris de le tester en France.
Cette démarche a conduit à l’analyse d’une cohorte de près de 3 000 patients, démontrant que des taux élevés de dd-cfDNA étaient fortement associés à la présence, à l’activité et à la sévérité de l’ensemble des types de rejet d’allogreffe rénale, tout en apportant une valeur ajoutée significative au suivi clinique standard pour la prédiction du rejet. Cette étude multicentrique menée dans 14 centres en France et aux États-Unis a d’ailleurs déjà fait l’objet d’une publication dans la revue Nature Medicine en 2023.
Bien que les biomarqueurs urinaires, plasmatiques et sériques soient intégrés dans la surveillance clinique standard, leur capacité à détecter spécifiquement et précocement les rejets reste limitée. C’est dans ce contexte que le cfDNA a été exploré comme biomarqueur complémentaire. Initialement appliqué à la transplantation rénale, il s'étend aujourd’hui aux greffes cardiaques, pulmonaires, hépatiques et utérines. En quatre ans, les activités de notre plateforme ont connu une croissance impressionnante. Nous sommes passés de 3 à 45 hôpitaux partenaires en Europe, avec une augmentation importante du nombre d’échantillons à traiter. »
A propos du cell-free DNA. En quoi son analyse révolutionne-t-elle le suivi des patients transplantés ?
« Ce biomarqueur – concrètement, des petits fragments d'ADN détectables dans la circulation sanguine – offre une fenêtre unique sur l'état du greffon. Grâce à une simple prise de sang, nous sommes en mesure d’identifier les tout premiers signes d’atteinte du greffon, permettant ainsi une surveillance précoce du rejet éventuel. C’est une alternative révolutionnaire à la biopsie, invasive, coûteuse et souvent délicate à répéter de façon régulière… »
Votre laboratoire a connu un véritable tournant grâce à l’intégration d’un automate de pipetage Biomek i5 de Beckman Coulter Life Sciences. Quel était le principal objectif de cette acquisition ?
A. C. : « Le défi était clair : nous avions de plus en plus d’échantillons à traiter et le travail manuel ne suffisait plus. Il nous fallait trouver une solution pour automatiser notre processus d'extraction d'ADN, tout en préservant la haute qualité de nos analyses, même avec des volumes d’élutions très faibles, de l’ordre de 20 microlitres. »
Pourquoi Beckman Coulter Life Sciences ?
« Tout a commencé sur le salon Forum LABO Paris 2023, où nous avons pu échanger avec plusieurs équipementiers et prendre connaissance de leurs offres. Nous avons été séduits par l'approche globale proposée par Beckman Coulter Life Sciences : non pas seulement un équipement, mais une vraie collaboration scientifique autour d’une solution complète intégrant trois piliers fondamentaux : des réactifs de haute qualité, une plateforme d’automatisation robuste et un support humain, expert et réactif. »
Parlons donc tout d’abord des réactifs…
« La grande qualité des réactifs est un paramètre déterminant de nos analyses ! Le Kit d’Extraction de cfDNA Apostle MiniMax™, distribué par Beckman Coulter Life Sciences, utilise une technologie à nanoparticules magnétiques pour isoler efficacement des quantités infimes d’ADN circulant, même à partir de très petits volumes. Nous avons testé plusieurs solutions, et celle-ci s’est révélée robuste, reproductible et parfaitement compatible avec l’automatisation. »
Justement, que vous apporte l’automate de pipetage Biomek i5 au quotidien ?
« L’automate de pipetage Biomek i5 nous permet de gérer en parallèle un grand nombre d’échantillons avec une précision et une reproductibilité, inégalées. C’est une station automatisée de manipulation de liquides, compacte, équipée d'une tête de pipetage 96 canaux et de périphériques intégrés pour l'incubation et l'agitation.
Et l’automate de pipetage Biomek i5 n’est pas une « boîte noire ». La plateforme est ouverte et paramétrable. Nous avons pu l’adapter à nos protocoles, passer par exemple des plaques aux tubes, selon nos besoins. Cette capacité d'adaptation garantit que l'outil s'intègre parfaitement dans notre flux de travail existant plutôt que de nous contraindre. La robustesse et la flexibilité de la plateforme ont transformé notre quotidien. »
En quoi l’accompagnement de Beckman Coulter Life Sciences a-t-il fait la différence ?
« L’accompagnement sur mesure de Beckman Coulter Life Sciences a été un atout déterminant dès les premières étapes du projet. Avant même l’acquisition de l’automate de pipetage Biomek i5, nous avons pu tester l’automate avec nos propres échantillons et protocoles dans un laboratoire déjà équipé.
La réactivité et la disponibilité de l’équipe Support applicatif ont ensuite toujours été exemplaires. Bien au-delà de l’installation, Beckman Coulter Life Sciences s’est engagé à nos côtés dans un véritable partenariat, toujours présent pour répondre à nos besoins : optimisation des protocoles, adaptation aux contraintes techniques ou encore transfert de l’automate de pipetage Biomek i5 dans une salle dédiée.
Le logiciel Beckman Connect s’inscrit pleinement dans cette dynamique de service, en offrant une assistance à distance rapide et efficace : le support applicatif peut, à notre demande, se connecter instantanément pour diagnostiquer un problème et ajuster les paramètres, sans interrompre nos travaux. Un vrai partage de compétences, où l’expertise de Beckman Coulter Life Sciences en automatisation complète idéalement la nôtre en recherche. »
Concrètement, quel a été l’impact de cette automatisation sur vos recherches ?
« Les résultats ont dépassé nos attentes ! Nous sommes passés de 2 – 3 échantillons quotidiens, à une capacité de traitement automatisé pouvant atteindre 24 échantillons par jour – 48 à 72 par semaine soit environ 5700 échantillons analysés en 4 ans. L'automate prend en charge l'intégralité du processus d'extraction d'ADN, réduisant de 4 heures le temps technique par série. Cela nous permet d’étudier des cohortes beaucoup plus larges, valider plus vite nos hypothèses et accompagner au quotidien les cliniciens dans le suivi de leurs patients.
Au-delà des chiffres, c'est aussi la qualité qui m'impressionne. De nombreux tests et adaptations des protocoles nous ont permis de maximiser la concentration des échantillons et les rendements, même à partir de volumes très faibles. Des innovations comme les caméras de surveillance des plaques préviennent 80 % des erreurs. La robustesse du système est remarquable.
Mais la machine seule ne fait pas tout ! C’est bien la combinaison instrument, réactifs et accompagnement humain qui fait la différence. Beckman Coulter Life Sciences sait proposer cet ensemble cohérent. Résultat : nous avons non seulement gagné du temps et de la précision, mais aussi renforcé notre capacité d’innovation. »
Comment voyez-vous l’avenir ?
« Nos perspectives sont très prometteuses ! Les résultats préliminaires du projet européen EU-TRAIN Impact, axé sur la transplantation rénale, montrent que notre implémentation du cell-free DNA a permis de diminuer d’environ 70 % le recours aux biopsies. Nous participons par ailleurs à l’étude AI-CARE, lancée en juillet 2025 auprès de plusieurs hôpitaux français, visant à confirmer la valeur clinique de ce biomarqueur dans la pratique courante et à obtenir son remboursement par la Sécurité Sociale en France. »
En associant chimie performante, automatisation et support réactif, Beckman Coulter Life Sciences a permis à la plateforme de biopsie liquide de franchir un cap décisif. Au-delà des chiffres et des protocoles, c’est une histoire de confiance et de collaboration, au service d’un même objectif : offrir aux patients transplantés un suivi plus sûr, plus précis et moins invasif.
Pour en savoir plus :
Alexandre Pasquiou
APASQUIOU@beckman.com
www.beckman.com/reagents/genomic
paristransplantgroup.com/
u-paris.fr/sante/ihm-pitor
S. DENIS
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